ریه ها
در اکثر مبتلایان، ویروس کووید-۱۹ در ریه‌ها آغاز و در همانجا پایان می‌یابد زیرا کروناویروس‌ها نیز همچون آنفولانزا در رسته بیماری‌های تنفسی هستند. این ویروس‌ها معمولاً از طریق قطرات تنفسی ناشی از عطسه یا سرفه انتشار می‌یابند که می‌تواند ویروس را به هرکسی که در تماس نزدیک با فرد آلوده است، منتقل کند. کروناویروس‌ها همچنین علائمی چون آنفولانزا ایجاد می‌کنند: بیماری ممکن است از تب و سرفه آغاز شده و به التهاب ریه یا بدتر از آن برسد. کروناویروس جدید در روزهای ابتدایی عفونت، به سرعت به سلولهای ریه انسان حمله میکند. این سلولها دو دسته هستند، آن‌هایی که موکوس تولید می‌کنند و آنها که موهای بسیار ریزی به نام مژک (cilia) دارند. موکوس در داخل بدن به محافظت از بافت ریه در برابر عوامل بیماری‌زا کمک میکند و مانع از خشک شدن اندام تنفسی می‌شود. سلولهای دارای مژک نیز با حرکت در اطراف موکوس، ضایعاتی چون گرده یا ویروس را پاک می‌کنند. در موارد حاد، ریه‌ها آب آورده و بیمار نمی‌تواند نفس بکشد، برخی از مبتلایان به این علت جان خود را از دست می‌دهند
دستگاه گوارش
هر ویروسی که به بدن وارد می‌شود، به دنبال سلولهای انسانی با درگاه‌های مورد علاقه خود یعنی گیرنده‌ها می‌گردد. اگر ویروس گیرنده سازگار با خود را بر روی یک سلول پیدا کند، می تواند به آن حمله کند. برخی از ویروس‌ها در انتخاب این گیرنده‌ها سختگیرند اما برخی دیگر انعطاف‌پذیرتر و بی قاعده تر عمل می‌کنند و به این ترتیب به گفته آنا سوک فونگ لوک معاون تحقیقات پزشکی دانشکده پزشکی دانشگاه میشیگان، به راحتی می‌توانند به همه انواع سلولها نفوذ کنند. هر دو کروناویروس سارس و مرس از امکان دسترسی به سلولهای موجود در روده بزرگ و کوچک برخوردار بودند، در روده‌ها رشد کرده و باعث ایجاد آسیب یا نشت مایعات می‌شدند که اسهال را برای بیمار به همراه داشت. اما محققان هنوز نمی‌دانند که آیا کووید-۱۹ نیز همین کار را با بدن میکند یا نه. آنان معتقدند که این کروناویروس از همان گیرنده مورد استفاده سارس استفاده میکند که در ریه‌ها و روده کوچک یافت می‌شود. به علاوه، محققان در دو مطالعه جداگانه وجود ویروس کووید-۱۹ را در نمونه‌های مدفوع تشخیص داده‌اند که می‌تواند حاکی از این امر باشد که این ویروس می‌تواند از طریق مدفوع منتقل شود. به گفته فریمن، این که آیا انتقال از طریق مدفوع در مورد ویروس ووهان صدق میکند یا نه چندان قطعی نیست اما این ویروس در مدفوع افراد پیدا شده و به نظر می‌رسد که مبتلایان علائم گوارشی مربوط به آن را تجربه می‌کنند.
گردش خون
کروناویروس‌ها به واسطه بیش فعالی سیستم ایمنی که پیش‌تر بدان اشاره شد، می‌توانند در سایر سیستم‌های بدن نیز مشکلاتی ایجاد کنند. یک مطالعه که در سال ۲۰۱۴ انجام شد، نشان داد که ۹۲ درصد از مبتلایان به مرس حداقل یک علامت در خارج از ریه‌ها داشتند. در حقیقت نشانه‌های آسیب به کل بدن در هر سه کروناویروس انتقالی از حیوان به انسان مشاهده شده است که از آن جمله می‌توان به افزایش آنزیم‌های کبدی، کاهش تعداد گلبول های سفید خون و پلاکت‌ها و فشار خون پایین اشاره کرد. در موارد نادر، مبتلایان به آسیب حاد کلیوی و ایست قلبی نیز دچار شده‌اند. اما به گفته آنگلا راسموسن ویروس شناس و پژوهشگر دانشکده بهداشت عمومی دانشگاه کلمبیا، این لزوماً نشانه‌ای از گسترش خود ویروس در بدن نیست و می‌تواند ناشی از یک طوفان سایتوکاینی باشد. سایتوکاینها پروتئین‌هایی هستند که به عنوان چراغ‌های هشدار سیستم ایمنی عمل کرده و سلولهای ایمنی بدن را به محل عفونت اعزام می‌کنند. این سلولها سپس در تلاش برای نجات بقیه بدن، بافت آلوده را از بین می‌برند. در برخی از حادترین موارد ابتلا کووید-۱۹، طوفان سایتوکاینی در ترکیب با کاهش ظرفیت اکسیژن‌رسانی به اندام‌ها، می تواند منجر به بروز نارسایی در چند عضو شود. آن طور که فریمن می‌گوید، حتی اگر این ویروس به کلیه‌ها، کبد، طحال و دیگر اندام‌ها نرسد می‌تواند اثرات منفی مشهودی بر تمام این فرآیندها داشته باشد و این زمانی است که تهدید جدی می‌شود.
کبد
وقتی یک کروناویروس از سیستم تنفسی به سایر بخش‌های بدن انتشار می‌یابد، کبد یکی از ارگان‌هایی است که تحت تاثیر قرار می‌گیرد. پزشکان نشانه‌هایی را از آسیب کبدی در موارد ابتلا به سارس، مرس و کووید-۱۹ مشاهده کرده‌اند که اغلب خفیف هستند اما در موارد حاد منجر به آسیب شدید و حتی نارسایی کبدی شده‌اند. وقتی ویروسی وارد جریان خون شود، می‌تواند به هر قسمت از بدن برسد. کبد رگ‌های فراوانی دارد بنابراین یک کروناویروس می‌تواند به راحتی به این عضو وارد شود.کبد سخت کار می کند تا مطمئن شود بدن می‌تواند به درستی کار میکند. کار اصلی این عضو پردازش خون پس از خروج از معده، تصفیه سموم و تولید مواد مغذی برای استفاده بدن است. کبد همچنین باعث می‌شود صفرا به روده کوچک در تجزیه چربی‌ها کمک کند. به علاوه، این عضو حاوی آنزیم‌هایی است که واکنش‌های شیمیایی را در بدن سرعت می‌بخشند. در یک بدن سالم، سلولهای کبدی به طور مستمر از بین رفته و این آنزیم‌ها را در جریان خون فرد آزاد می‌کنند. این ارگان سپس سریعا سلولهای جدید می‌سازد و به کار خود ادامه می‌دهد. در نتیجه این روند بازسازی، کبد می تواند در برابر آسیب های زیادی مقاومت کند. اما وجود سطوح بالای غیرطبیعی از آنزیم‌ها در خون که از علائم مشترک میان بیماران مبتلا به سارس و مرس بوده است، یک علامت هشداردهنده است. این امر ممکن است تنها ناشی از یک آسیب خفیف باشد که کبد سریعا آن را جبران خواهد کرد و یا علامتی از یک مشکل حاد چون نارسایی کبدی باشد.
کلیه‌ها
بله، کلیه‌ها نیز در این بیماری تنفسی درگیر می‌شوند. بر طبق آمار، شش درصد از مبتلایان به سارس و یک چهارم بیماران مبتلا به مرس به آسیب حاد کلیوی دچار شدند. تحقیقات اولیه نشان داده است که کروناویروس جدید نیز می تواند چنین تاثیری داشته باشد. بروز چنین آسیبی در بیماران مبتلا به این ویروس نسبتا نادر و در عین حال مرگبار است. براساس نتایج یک مطالعه که در سال ۲۰۰۵ در مجله Kidney International منتشر شد، ۹۱.۷ درصد از بیماران سارس که به آسیب حاد کلیوی دچار شده بودند، در نهایت جان خود را از دست دادند. درست مثل کبد، کلیه‌ها نیز نقش یک فیلتر را برای خون ایفا می‌کنند. در هر کلیه بیش از یک میلیون لوله ادراری (نفرون) وجود دارد. این نفرون‌ها دو جزء اصلی دارند: یک فیلتر برای تمیز کردن خون و لوله‌هایی که مواد مفید را به بدن بازگردانده و ضایعات را به شکل ادرار به مثانه می فرستند. آن طور که به نظر می‌رسد، کروناویروس‌ها بیش از هر چیز بر این لوله‌های کوچک کلیوی تاثیر می‌گذارند. وقتی ویروسی وارد جریان خون شود، انتشار آن به لوله‌های کلیوی چندان غیرمعمول نیست. از آنجایی که کلیه‌ها به طور مستمر در حال تصفیه خون هستند، گاهی اوقات ممکن است سلولهای لوله های آن این ویروس را به دام انداخته و آسیب ببینند. اگر این ویروس به سلولها نفوذ و شروع به تکثیر کند، آسیب ایجاد شده می‌تواند مرگبار باشد.